《北斗神拳》的主角健次郎将再次演绎一段原创的故事，设定在奇迹之城“伊甸”，这里是末世里唯一的娱乐地区，汇聚了人们希望和欲望，玩家将体验各种动作、探索内容，还有如龙系列的游戏风格内容。
在经历过最后一战地狱之火之后，世界上所有的生物都已经被毁灭，但是人类尚存，这是一个文明和社会生产都被毁灭的纪元，人们对于仅存的食物和资源产生了激烈的竞争，暴力占据了主导地位。在这个世界的一角，有个叫做“奇迹之城”的地方，这座城市名叫“伊甸”。
“伊甸”拥有取之不竭的水源，和来自巨型穹顶“球城(Sphere City)”源源不断的电源供给，由于这种得天独厚的条件，这里成为了一个娱乐区，伊甸的人们生活富足，这座难以置信的末世之城只能说是一个奇迹。
一天，一位孤独的男子结束了他的漂泊来到伊甸，他的名字叫做健次郎，这位北斗神拳的传人在这个暴力年代似乎是命运的宠儿，但是他的内心充满了绝望，他活下去的唯一希望就是未婚妻Yuria，据传已死的Yuria如今就住在伊甸城。
由于这座城市的大门紧闭，不让一切外来人进入，所以健次郎微弱的希望也要破灭了，健次郎要怎样才能进入伊甸，又将作出什么牺牲，而等待着他的又会是什么样的命运，他会遇到疯狂追寻的Yuria吗?
在神秘的城市里追寻真爱，这个叫做健次郎的男人被困在了命运的洪流中，而另一个传奇救世者的大幕也将拉开。
北斗神拳是流传了1800年至今的一门神秘的暗杀拳法，点穴可以让人体从内部爆裂、说出实话、一段时间后再死亡等等。健次郎作为北斗神拳门的继承人，复出后一瞬间击败了曾把他打入地狱和在他胸口留下七个伤疤的南斗殉星希恩。未婚妻Yuria被掳走，他又走上了复仇之路。
