质量效应2中的决定：
－》摧毁或重置Geth异教徒
－》保存或销毁Maelon关于Korgan Genophage的研究数据
－》摧毁Collector基地 或 把Collector基地留给Cerberus
－》ME2中的最后任务Suicide Mission中，如果任何角色因为飞船改造不全而死亡，那该角色将不会出现在ME3中。其中Garrus和Tali是ME3中的队友，而Jack Jacob Kasumi Legion Mordin Miranda Samara Thane和Zaeed将作为ME3中的支线角色出现。
－》爱情桥段－ME3中的队员Garrus和Tali为ME2中的爱情对象。ME3中支线剧情人物Miranda Jack Jacob Thane Kelly Samara（其实是Morinth）为ME2中的爱情对象，他们的对话在ME3中会有所影响。
云存储存档问题：
EA已经确认ME2的云存储存档将不能直接导入ME3中。同时，通过云存储转移到新主机上的ME2存档也不能直接导入ME3。
玩家必须将云存储上的ME2记录导入到原主机，然后通过手动（USB或者传输线）转移到新主机上。也就是说如果玩家没有了原主机硬盘的话，将在导入记录上遇到问题。这个目前没有解决的办法。
不过，如果玩家还保存有ME2游戏碟，可以在新主机上从云存储端导入ME2记录到新主机硬盘，放入ME2碟，读取ME2的记录，然后再建立New Saved Game。这样就在你的新主机硬盘上建立了可导入ME3的ME2记录。测试过在PS3上可行。
