《孤岛危机3》的环境设定是非常独特的，它被称作城市热带雨林。据Reed所说，在本作中将会充分结合前两代中的元素。当你行进在纽约的时候，你会注意到那些生长在大厦外的树木，还有那废墟中茂盛的植被，通过这些景象你可以了解到Nanodome是如何催化植物生长的。此外，你还会在这里看到许多沼泽，荒漠，岛屿还有咆哮的河流，因为Dome包含有七种不同的环境，也就是七大奇迹，在每一个地方迎接玩家的将是巨大的挑战。
在《孤岛危机3》中拥有很多的自定义选项，包括武器和纳米装甲。Prophet在游戏中将会使用三种不同类型的武器：高能复合弓，可以发射非常具有破坏力的弓箭，并且不会被轻易发现;Cell Typhoon, 高速武器，每秒可以发射出500发子弹，在近程和中程攻击时将会发挥巨大的火力;Ceph等离子枪，一种远近皆可的突击步枪，这也是第一款玩家可以使用的外星人武器。
