最后三个结局的选择：
结局1(红光)：摧毁所有的机械生命
在主角的幻觉中，Anderson毫不迟疑的举枪摧毁了Reaper的控制中枢。因为Anderson在三部曲的全部努力，就是为了摧毁Reaper，一个军人的尊严，勇气和气概。在举枪摧毁Reaper的时候表现的淋漓尽致。
但是摧毁中枢还会导致全银河所有类型的机械生命的毁灭，包括Geth，包括EDI。可以看做是Reaper们当时留下的后门：如果某个有机文明在Reaper的意料之外制造出了连Reaper都抵挡不了的机械生命，那么就要靠这条途径大家来个鱼死网破。也看出了Reaper们为了保护有机生命的用心良苦。
有机生命，正如他们的诞生那样，是一个充满奇迹和充满巧合的过程，如梦幻一般的，几个碳原子意外的走到了一起，一道生物电奇迹般的发射了出去，后来居然有了自我复制的能力... 有机生命诞生于无法想象的奇迹，其本身就可以说是诞生于混沌。而使用机械生命冷冰冰的数理逻辑来管理他们，本来就是不符合常理的。有机生命，就应该由他们自己来决定自己的道路，是走向升腾也罢，是自生自灭也罢，这是有机生命的命运，是他们命中注定在诞生一刻就已决定的道路。就算是最后一定要完结，但是也曾经辉煌过，灿烂过。正如我们每个人的一生一样。
选择了这个结局的主角，如同Anderson一样，聚集起生命最后的力气，义无反顾的举枪射击，伴随着巨大的爆炸，Reaper的控制中枢被摧毁了。地球上的Reaper纷纷倒下，人们欢呼雀跃。摧毁机械生命的红色脉冲以毁灭Mass Relay为代价，传播到了银河系的每一个角落。
也许有机生命终有一天会被自己制造的机械生命毁灭，但也许不会，“总有一条其他的途径”。正如Anderson所说，不再有Reaper阴影的严格控制，有机生命从此获得了真正的自由。这个自由，这个希望，是有机生命存在的本质意义。
结局2(蓝光)：控制Reaper
在主角的幻觉中，the Illusive Man站在电光四闪的Reaper控制台前，燃烧着自己的身体，放弃曾经的一切。换取对Reaper的控制。
